Создание Ассоциации в 1998 г. стало важным шагом для поддержки охраняемых территорий в сохранении и изучении природных комплексов Алтае-Саян и экологическом просвещении населения в непростой для заповедного дела период
С 1986 года в Алтае-Саянах существовал Региональный Ученый Совет енисейских заповедников. Актуальность его работы не подвергалась сомнению: в 1990-е годы в результате последствий экономического и административного размежевания страны под угрозой оказались известные достоинства российских заповедников. Задачи сохранения традиций в охране и научных исследованиях могли решаться только объединенными усилиями, а повышение роли местного и регионального управления потребовало реализации природоохранного и научного потенциала заповедников на местах. Однако со временем стали явно проявляться противоречия организационной структуры Совета. Во-первых, он не был юридическим лицом и с этих позиций уступал организационно оформленным Ассоциациям заповедников. Во-вторых, Совет совмещал и обычные функции ученых советов заповедников как научных учреждений. Кроме того, меньшее развитие имели работы по охране режима и экологическому просвещению. В 1997 г. Было принято решение о реорганизации Совета, и уже в 1998 г. была учреждена Ассоциация заповедников и национальных парков Алтае-Саянского экорегиона.
Учредителями Ассоциации стали 7 заповедников, национальный парк «Шушенский бор» и WWF России. Сегодня в составе Ассоциации – 18 юридических членов. На протяжении 10 лет главными задачами Ассоциации были:
- содействие сохранению российской природы путем поднятия престижа ООПТ;
- повышение потенциала ООПТ в части проектирования и организация сети ООПТ;
- совместные действия в разработке программ и модельных проектов мониторинга природных систем на заповедных и прилегающих к ним территориях;
- организация целевого финансирования;
- взаимодействие в подготовке научных кадров и специалистов в области охраны окружающей среды и др.
С 2001 года директором Ассоциации, координирующей природоохранную и научно-исследовательскую деятельность ООПТ Красноярского края, Республик Алтай, Тыва, Хакасия и других регионов, является Геннадий Киселев.
