Аккемское озеро (от алтайского Ак-кем — белая вода) — озеро в Алтайских горах на территории Усть-Коксинского района Республики Алтай. Расположено у подножия северного склона г. Белуха. Питается талыми водами Аккемского ледника. С южной стороны в озеро впадают реки Аккем и Акоюк, а вытекает с северной стороны река Аккем. Котловина озера представляет типичный трог ледника (горную долину корытообразной формы, образованную деятельностью ледника). Берега озера сложены рыхлыми ледниковыми отложениями и покрыты мохово — кустарниковой тундрой. Озеро вытянуто с юга на север, его длина 1350 м. Ширина озера — 610 м. Берег довольно резко идет вниз, и достигает максимальных глубин (около 15 метров), которые преобладают в озере. Средняя глубина озера — 7,8 метров
Озеро Джулукуль в переводе означает «теплое озеро». Второе по величине озеро Республики Алтай, после Телецкого озера. Озеро Джулукуль расположено на Чулышманском плато, на стыке хребтов Шапшальского и Чихачева в верховьях реки Чулышман, в 100 км к востоку от села Саратан, на высоте 2200 м. Длина озера 11 км, ширина 3,5 км, глубина 7 м. Озеро Джулукуль моренно-запрудненного происхождения. Берега озера низмены, заболочены, заняты карликовой березой и травами.
Большое Кучерлинское озеро (от южноалт. Каджур-лы или Кудюрлу — с солонцами) — озеро в Алтайских горах. Расположено у подножия северного склона Катунского хребта в верховьях реки Кучерла. Кучерлинское озеро — один из крупнейших водоемов ледникового происхождения. Озеро находится на высоте 1790 метров над уровнем моря. Оно замкнуто с запада и востока вершинами до 3000 м, с юга — узкой долиной реки Кучерла, а с севера — моренными отложениями, подпруживающими озеро. С восточного и западного берегов глубины быстро возрастают, а дальше к середине идет постепенное понижение дна. Менее глубок северный залив озера у истоков Кучерлы.
Находится в 1,5 км юго-восточнее села Манжерок, в негустом сосново-березовом лесу, слева, в 3 км от Чуйского тракта. Рядом с озером находится поселок Озёрное. Озеро расположено на высокой древней терассе правого берега реки Катунь. Уровень озера возвышается над Катунью на 88 м. Озеро Манжерокское имеет форму эллипса, длина озера 1112 м, наибольшая ширина 400 м, площадь 37,6 га. На основной площади глубина озера не превышает 2,5 м, максимальная глубина – 3 м. Дно илистое, вода пресная, мягкая, цвет – грязно-зеленый, температура воды в летнее время 22С.
Мультинские озера — группа озёр на северном склоне Катунского хребта в Алтайских горах. Находятся в Усть-Коксинском районе в верховьях реки Мульта и по её притокам. Река Мульта правый приток Катуни. Основные озера: Нижнемультинское, Среднемультинское, Верхнемультинское, Поперечное, Куйгук. Это — уникальное место Республики Алтай, здесь произростают редкие виды растений. Это единственное место в мире, где обитает горькушка Ревякиной. Так же здесь распространено и редкое растение — родиола (розовая, морозная, четырёхраздельная), используемая в традиционной медицине. Всего в бассейне реки Мульта находится более 10 озёр.
Садринское — горное озеро, расположенное в северо-восточной части Республики Алтай на территории Турочакского района. Находится в юго-западной части Абаканского хребта, в бассейне реки Лебедь (правого притока Бии), в 20 км от села Бийка. Название озера Садринское происходит от вытекающей из него одноимённой реки Садра. В 1978 году признано памятником природы Горно-Алтайской автономной области.
Телецкое озеро расположено на северо-востоке Алтайских гор, на стыке с Западными Саянами, в огромной котловине тектонического происхождения, на высоте 436 м над уровнем моря. Со всех сторон его окружают водораздельные хребты с высотами 2000-2500 м. На востоке лежат хребты Корбу и Абаканский, на западе — Алтын-Ту, Сумультинский и Иолго, с юга к озеру подходит Чулышманское нагорье. Занимает пятое место в России среди самых глубоких озёр. Протяжённость 77, 7 км, максимальная ширина до 5 км
Шавлинские озёра — группа озёр на Алтае в течении реки Шавлы, в районе Северо-Чуйского хребта. Цепочка Шавлинских озёр состоит из трёх водоёмов, имеющих разные наименования в различных источниках. Шавлинские озёра — популярный туристический объект. Отправной точкой маршрута традиционно является посёлок Чибит, расположенный на Чуйском тракте. Отсюда тропа сперва поднимается на плато Ештыкол (через перевал Орой, высота ок. 2200 м), затем спускается в долину реки Шавлы.